企业各项存货发生的正常损耗，应以清单申报的方式向税务机关申报扣除

根据《国家税务总局关于发布《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》的公告 》（国家税务总局公告2011年第25号）规定，

第九条　下列资产损失，应以清单申报的方式向税务机关申报扣除：
（一）企业在正常经营管理活动中，按照公允价格销售、转让、变卖非货币资产的损失；
（二）企业各项存货发生的正常损耗；
（三）企业固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失；
（四）企业生产性生物资产达到或超过使用年限而正常死亡发生的资产损失；
（五）企业按照市场公平交易原则，通过各种交易场所、市场等买卖债券、股票、期货、基金以及金融衍生产品等发生的损失。