根据2012年4月11日上午所得税司巡视员 卢 云 访谈
《中华人民共和国企业所得税法》第五十条规定,居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的,应当汇总计算并缴纳企业所得税。因此,你公司应该按照总分机构实现的收入总额,乘以相应比例计算扣除限额。