农产品增值税进项税额核定扣除的纳税人，在计算农产品增值税进项税额时，应按照下列顺序确定适用的扣除标准？

根据《财政部国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）规定，

十二、试点纳税人在计算农产品增值税进项税额时，应按照下列顺序确定适用的扣除标准：
（一）财政部和国家税务总局不定期公布的全国统一的扣除标准。
（二）省级税务机关商同级财政机关根据本地区实际情况，报经财政部和国家税务总局备案后公布的适用于本地区的扣除标准。
（三）省级税务机关依据试点纳税人申请，按照本办法第十三条规定的核定程序审定的仅适用于该试点纳税人的扣除标准。