企业只为少数职工支付补充养老保险费、补充医疗保险费，是否在计算应纳税所得额时准予扣除？

根据《青岛市国家税务局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴的通知》（青国税发[2010]9号）规定，

根据《财政部国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定：“自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。”如果不是全体员工都参加补充保险，那么就不能使用全体职工工资总额作为扣除基数，只能以参加补充保险职工的工资总额作为扣除基数。