房地产开发项目分期清算的问题。

地产公司进行房地产城市综合项目开发，内容包括写字楼、购物广场、商业街、地下停车库。项目报建之初按照“XX城市综合体”项目整体进行报建，当地城乡规划局已经同意并且提出了公共附加配套的建设说明，但是地产公司在报建过程中发现投资总额超过当地市一级审批的权限，于是将“XX城市综合体”分解成123期申报立项，分别为“城市综合体一期办公楼”，“城市综合体二期商业街”，“城市综合体三期购物中心”。城市综合体虽然名义上拆成3个立项报批，但报建之初为一个土地使用证，3个规划报建，3个施工许可证，在综合验收时还是作为“城市综合体一、二、三期”名义综合验收。城市综合体统一建设，相关开发产品是同时开工建设的，既有写字楼，又有购物中心（购物中心只有一个产权证），也有商业街，彼此互联互通，地下车库也是互联互通的。地产企业在会计核算时作为城市综合体项目核算，没法准确划分，特别是涉及地下车库的情况。
 
请问：上述情形能否作为一个清算项目进行土地增值税清算？因为地产企业认为可以作为一个项目清算，清算税负超过当地平均标准；但税务机关认为应按照清算规程的要求，作为三个项目进行清算，分歧较大。
答：《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）文件第一条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产