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有认证相符的增值税专用发票抵扣且申报后查账时发现已出账的发票联不见了,抵扣联还在,应如何处理?

根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》(国家税务总局令第25号)第三十一条的规定,使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时,应当于发现丢失当日书面报告税务机关,并登报声明作废。同时,需要携带以下资料到主管税务机关办理发票挂失手续:(一)《发票 税务证件挂失损毁表》。(二)公安部门受理报案的有关材料(有报案的需提供)。(三)刊登遗失声明的报刊版面原件和复印件或发票原件和复印件。(纳税人遗失或被盗(抢)发票的,必须自行到辖区内的地级市报刊上刊登“遗失声明”,同时持刊登遗失声明的版面原件或登载开具的发票原件等证明材料到税务机关查验。)

根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)的规定,一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联,可将专用发票抵扣联作为记账凭证,专用发票抵扣联复印件留存备查。