分支机构的资产损失，是分支机构还是总机构向主管税务机关申报扣除？

结论：贵公司下属的分公司发生的资产损失应以专项申报或清单申报的形式向分支机构所在地税务机关申报，同时应由分支机构所在地主管税务机关审核并出具证明后，再由总机构向所在地主管税务机关申报扣除。对总机构将跨地区分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向当地主管税务机关进行专项申报。

政策依据：

1、根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第四条规定，……二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照(登记证书)，且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。

第二十五条规定，汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除：
(一)总机构及二级分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定各自向所在地主管税务机关申报外，二级分支机构还应同时上报总机构；三级及以下分支机构发生的资产损失不需向所在地主管税务机关申报，应并入二级分支机构，由二级分支机构统一申报。
(二)总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向所在地主管税务机关申报。
(三)总机构将分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向所在地主管税务机关专项申报。
二级分支机构所在地主管税务机关应对二级分支机构申报扣除的资产损失强化后续管理。
《国家税务总局关于发布《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》的公告 》（国家税务总局公告2011年第25号）第十一条规定，在中国境内跨地区经营的汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除：
(一)总机构及其分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定，各自向当地主管税务机关申报外，各分支机构同时还应上报总机构；
(二)总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向当地主管税务机关进行申报；
(三)总机构将跨地区分支机构所属资产捆绑