分支机构如何进行年度汇算清缴？是按照《分支机构所得税分配表》中的“分配税额”缴纳企业所得税吗？是否可以减除本分支机构已经预缴的税款？

根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第十条规定，汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。

因此，总机构分配给分支机构的税款已经是扣除本年度已预缴税款后的，分支机构应直接按照“分配税额”缴纳企业所得税。