如何协调总分公司所得税主管局不一致问题

根据《国家税务总局关于调整新增企业所得税征管范围问题的通知》(国税发〔2008〕120号)文件第二条第二款规定，2008年底之前已成立跨区经营汇总纳税企业，2009年起新设立的分支机构，其企业所得税的征管部门应与总机构企业所得税征管部门相一致；2009年起新增跨区经营汇总纳税企业，总机构按基本规定确定的原则划分征管归属，其分支机构企业所得税的管理部门也应与总机构企业所得税管理部门相一致。

意思说，如果你们总分公司都是在2008年底之前成立的，分公司所得税当时属于国税管理的不再调整。如果2009年起新设立的分支机构，其所得税主管部门应与北京总机构一致。