你公司出口货物后还没有申报免抵退税就发生全部退运的，应到主管税务机关申请办理《出口货物退运已补税（未退税）证明》，不需要再进行免抵退税申报。如果是部分退运，应在《出口货物退运已补税（未退税）证明》中的“退货计税金额”栏填写部分退运的出口额，向主管税务机关申请办理退运证明后，就该笔出口报关单的数量、金额减除退运数量、退运金额，用剩余的可退税数量和可退税金额再申报免抵退税，同时提报一联《出口货物退运已补税（未退税）证明》并提供相关电子数据及其他有关资料，包括出口货物报关单（退运发生时已申报退税的，不需提供）、出口发票、主管税务机关要求报送的其他资料。
注：对于上述出口货物报关单，根据《国家税务总局关于<出口企业申报出口退（免）税免予提供纸质出口货物报关单>的公告》（国家税务总局公告2015年第26号）规定:自2015年5月1日（含5月1日，以海关出口报关单电子信息注明的出口日期为准）以后出口的货物，出口企业申报出口退（免）税及相关业务时，免予提供纸质报关单。但申报适用启运港退税政策的货物除外。
此外，关于申报增值税免抵退税的计税依据，《财政部国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策通知
》（财税〔2012〕39号）
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