企业在2013年底购入的专门用于研发活动的仪器、设备，单位价值在5000元以上但不超过100万元，在2014年1月以后才开始使用和计提折旧，是否可以一次性在计算应纳税所得额时扣除？

根据《国家税务总局关于固定资产加速折旧税收政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第64号）的规定，企业在2014年1月1日后购进并专门用于研发活动的仪器、设备，单位价值不超过100万元的，可以一次性在计算应纳税所得额时扣除。

因此，企业在2013年底购入单位价值在5000元以上但不超过100万元用于研发活动的仪器、设备不可以在计算应纳税所得额时一次性扣除。