非居民企业已按国内税收法律法规的有关规定征税后，提出享受减免税或税收协定待遇申请的，主管税务机关可以退税吗？

1、【自2017年12月1日起废止废止】根据《国家税务总局关于印发非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法的通知》(国税发〔2009〕3号)第十三条规定：“非居民企业已按国内税收法律法规的有关规定征税后，提出享受减免税或税收协定待遇申请的，主管税务机关经审核确认应享受减免税或税收协定待遇的，对多缴纳的税款应依据税收征管法及其实施细则的有关规定予以退税。”
2、根据《国家税务总局关于发布《非居民纳税人享受税收协定待遇管理办法》的公告》（国家税务总局公告2015年第60号）规定：“第十四条  非居民纳税人可享受但未享受协定待遇，且因未享受协定待遇而多缴税款的，可在税收征管法规定期限内自行或通过扣缴义务人向主管税务机关要求退还，同时提交本办法第七条规定的报告表和资料，及补充享受协定待遇的情况说明。
主管税务机关应当自接到非居民纳税人或扣缴义务人退还申请之日起30日内查实，对符合享受协定待遇条件的办理退还手续。
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第二十条  本办法第十四条所述查实时间不包括非居民纳税人或扣缴义务人补充提供资料、个案请示、相互协商、情报交换的时间。税务机关因上述原因延长查实时间的，应书面通知退税申请人相关决定及理由。

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第二十六条  本办法自2015年11月1日起施行。《国家税务总局关于印发〈非居民享受税收协定待遇管理办法(试行)〉的通知》(国税发〔2009〕124号)同时全文废止。”