土地增值税清算时，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除？

根据《国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知》（国税发〔2009〕91号 ）规定，

第二十一条  审核扣除项目是否符合下列要求：
（一）在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。
（二）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。
（三）扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆。
（四）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。
（五）纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。
（六）对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。