企业单位丢失了发票的存根联，税务机关如何处罚

根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条，跨规定的使用区域携带、邮寄、运输空白发票，以及携带、邮寄或者运输空白发票出入境的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。
丢失发票或者擅自损毁发票的，依照前款规定处罚。

根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十四条，税务机关对违反发票管理法规的行为进行处罚，应当将行政处罚决定书面通知当事人；对违反发票管理法规的案件，应当立案查处。
对违反发票管理法规的行政处罚，由县以上税务机关决定；罚款额在2000元以下的，可由税务所决定。