企业固定资产投入使用后，由于工程款项尚未结清未取得全额发票的，暂按合同规定的金额作为固定资产计税基础计提折旧，如果发票金额与暂估金额不符且12个月是跨年度的，影响的折旧如何进行调整？是通过申请补交或退还上年度企业所得税？还是将影响的折旧额随第二年企业所得税汇算时考虑？

根据《青岛市国家税务局关于2010年度企业所得税汇算清缴若干问题的公告》（青岛市国家税务局公告2011年1号）规定，

未取得全额发票的固定资产投入使用后可以按照合同金额暂估并计提折旧，企业应当在12个月内取得发票，如果发票金额与合同金额不一致的且跨年度的，应在发票取得当年按实际成本调整原来的暂估价值，但不需要调整原已计提的折旧额。对超过12个月仍未取得全额发票的固定资产，不得继续计提折旧，已计提的折旧额应当在12个月期满的当年度全额进行纳税调增。