某劳务派遣公司为小规模纳税人，劳务派遣服务可以按扣除工资后的余额征税，是否按照收入减去工资后乘以3%征收率计算缴纳增值税？

根据《财政部国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务收费公路通行费抵扣等政策的通知》（财税〔2016〕47号）规定，小规模纳税人提供劳务派遣服务，可以按照《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）文件有关规定，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照简易计税方法依3%的征收率计算缴纳增值税；也可以选择差额纳税，以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。
因此，该公司如果选择差额纳税，应以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的