增值税专用发票已认证，对方公司作废，如何进行账务处理 ？

1、先通知购货方作进项税额转出处理。 

2、问题中的这种情况属于将电子发票进行了作废，而纸质发票交给了购货方，并且购货方通过了认证进行了进项税额抵扣。在增值税稽核系统属于作废发票，那么在次月经过国家税务总局进行比对以后，系统会提示发票为作废发票，抵扣凭证审核系统会通知购货方主管税务机关进行协查，购货方主管税务机关会通知购货方作进项税额转出处理，并将协查结果回复给开票方主管税务机关。而对于销货方来说，因为发票已经作废，在本月肯定没有进行作销售处理，那么，在这个月可以重新再开正确发票,购货方接到重开发票按照正常程序重新抵扣。

3、《国家税务总局关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》(国税发〔2006〕156号)第二十五条规定，用于抵扣增值税