根据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第47号)规定,
二、税务机关为小规模纳税人代开专用发票,需要开具红字专用发票的,按照一般纳税人开具红字专用发票的方法处理。