根据《财政部 国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知
》（财税[2009]125号）和《国家税务总局关于发布《企业境外所得税收抵免操作指南》的公告》（国家税务总局公告2010年第1号）规定，
第五条 关于境外所得间接负担税额的计算
居民企业在按照企业所得税法第二十四条规定用境外所得间接负担的税额进行税收抵免时，其取得的境外投资收益实际间接负担的税额，是指根据直接或者间接持股方式合计持股20%以上（含20%，下同）的规定层级的外国企业股份，由此应分得的股息、红利等权益性投资收益中，从最低一层外国企业起逐层计算的属于由上一层企业负担的税额，其计算公式如下：》第六条规定条件的下层企业税额的计算方式及公式（参见示例），公式中：3.境外第二层及以下层级企业归属不同国家的，在计算居民企业负担境外税额时，均以境外第一层企业所在国（地区）为国别划分进行归集计算，而不论该第一层企业的下层企业归属何国（地区）。
实例
中国居民企业A分别控股了四家公司甲国B1、甲国B2、乙国B3、乙国B4，持股比例分别为50%、50%、100%、100%；B1持有丙国C1公司30%股份，B2持有丙国C2公司50%股份，B3持有丁国C3公司50%股份，B4持有丁国C4公司50%股份；C1、C2、C3、C4分别持有戊国D公司20%、40%、25%、15%股份；D公司持有戊国E公司100%股份。
第一步：对是否符合间接抵免持股条件进行判定
（1）B层各公司间接抵免持股条件的判定：
B1、B2、B3、B4公司分别直接被A公司控股50%、50%、100%、100%，均符合间接抵免第一层公司的持股条件。
（2）C层各公司间接抵免持股条件的判定：
①C1公司虽然被符合条件的上一层公司B1控股30%，但仅受居民企业A间接控股15%（50%*30%），因此，属于不符合间接抵免持股条件的公司（但如果协定的规定为10%，则符合间接抵免条件）；
②C2公司被符合条件的上一层公司B2控股50%，且被居民企业A间接控股达到25%（50%*50%），因此，属于符合间接抵免持股条件的公司；
③C3公司被符合条件的上一层公司B3控股50%，且被居民企业A间接控股达到50%（100%*50%），因此，属于符合间接抵免持股条件的公司；
④C4公司情形与C3公司相同，属于符合间接抵免持股条件的公司。
（3）D公司间接抵免持股条件的判定：
①虽然D公司被C1控股达到了20%，但由于C1属于不符合持股条件的公司，所以，C1对D公司的20%持股也不得再计入D公司间接抵免持股条件的范围，来源于D公司20%部分的所得的已纳税额不能进入居民企业A的抵免范畴；
②D公司被C2控股达到40%，但被A通过符合条件的B2、C2间接持股仅10%，未达到20%，因此，还不能由此判定D是否符合间接抵免条件；
③D公司被C3控股达到25%，且由A通过符合条件的B3、C3间接控股达12.5%（100%*50%*25%），加上A通过B2、C2的间接控股10%，间接控股总和达到22.5%。因此，D公司符合间接抵免条件，其所纳税额中属于向C2和C3公司分配的65%股息所负担的部分，可进入A公司的间接抵免范畴。
④D公司被C4控股15%，虽然C4自身为符合持股条件的公司，但其对D公司的持股不符合直接控股达20%的持股条件。因此，该C4公司对D公司15%的持股，不能计入居民企业A对D公司符合条件的间接持股总和之中；同时，D公司所纳税额中属于向C4公司按其持股15%分配的股息所负担的部分,也不能进入居民企业A的间接抵免范畴。
（4）E公司间接抵免持股条件的判定：
居民企业A通过其它公司对E的间接控制由于超过了三层（居民企业A→B2（B3）→C2（C3）→D→E，E公司处于向下四层），因此，E公司不能纳入A公司的间接抵免范畴；即使D公司和E公司在戊国实行集团合并（汇总）纳税，D公司就E公司所得所汇总缴纳的税额部分，也须在计算A公司间接负担税额时在D公司合并（汇总）税额中扣除。
第二步：计算
（1）计算甲国B1及其下层各企业已纳税额中属于A公司可予抵免的间接负担税额：
①C1公司及其对D公司20%持股税额的计算
由于C1不符合A公司的间接抵免条件，因此，其就利润所纳税额及其按持有D公司20%股份而分得股息直接缴纳的预提所得税及该股息所包含的D公司税额，均不应计算为由A公司可予抵免的间接负担税额。
②B1公司税额的计算
B1公司符合A公司的间接抵免持股条件。B1公司应纳税所得总额为1000万元（假设该“应纳税所得总额”中在B1公司所在国计算税额抵免时已包含投资收益还原计算的间接税额，下同），其中来自C1公司的投资收益为300万元，按10%缴纳C1公司所在国预提所得税额为30万元（300万*10%），无符合抵免条件的间接税额；
B1公司适用税率为30%，其当年在所在国按该国境外税收抵免规定计算后实际缴纳所在国所得税额为210万元；B1公司当年税前利润为1000万元，则其当年税后利润为760万元（税前利润1000万-实际缴纳所在国税额210万-缴纳预提税额30万），且全部分配；
B1公司向A公司按其持股比例50%分配股息380万元；
将上述数据代入《财政部 国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》第五条公式（即：本层企业所纳税额属于由一家上一层企业负担的税额＝本层企业就利润和投资收益所实际缴纳的税额+符合本财政部 国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知规定的由本层企业间接负担的税额）×本层企业向一家上一层企业分配的股息（红利）÷本层企业所得税后利润额，下同）计算，A公司就从B1公司分得股息间接负担的可在我国应纳税额中抵免的税额为120万元：
（210+30+0）*（380÷760）=120万元
（2）计算甲国B2及其下层各企业已纳税额中属于A公司可予抵免的间接负担税额：
①D公司税额的计算
D公司符合A公司的间接抵免持股条件。D公司应纳税所得总额和税前会计利润均为1250万元，适用税率为20%，无投资收益和缴纳预提所得税项目。当年D公司在所在国缴纳企业所得税为250万元；D公司将当年税后利润1000万元全部分配；
D公司向C2公司按其持股比例40%分配股息400万元；
将上述数据代入《财政部 国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》第五条公式计算，D公司已纳税额属于可由C2公司就分得股息间接负担的税额为100万元：
（250+0+0）*（400÷1000）=100万元
②C2公司税额的计算
C2公司符合A公司的间接抵免持股条件。C2公司应纳税所得总额为2000万元；其中从D公司分得股息400万元，按10%缴纳D公司所在国预提所得税额为40万元（400万*10%），符合条件的间接负担下层公司税额100万元；
C2公司适用税率为25%，假设其当年享受直接和间接抵免后实际缴纳所在国所得税额为360万元；当年税前利润为2000万元，则其税后利润为1600万元（2000万-360万-40万）；
C2公司将当年税后利润的一半用于分配，C2公司向B2公司按其持股比例50%分配股息400万元（1600万*50%*50%）；同时，将该公司2008年未分配税后利润1600万元（实际缴纳所得税额为400万元，且无投资收益和缴纳预提所得税项目）一并分配，向B2公司按其持股比例50%分配股息800万元（1600万*50%）；
C2公司向B2公司按其持股比例分配股息1200万元；
将上述数据代入《财政部 国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》第五条公式计算，C2公司已纳税额属于可由B2公司就2009年度分得股息间接负担的税额共计为325万元，其中以2009年度利润分配股息间接负担的税额125万元[（360+40+100）*（400÷1600）=125万元]；以2008年度利润分配股息间接负担的税额200万元[（400+0+0）*（800÷1600）=200万元]。
③B2公司税额的计算
B2公司符合A公司的间接抵免持股条件。B2公司应纳税所得总额为5000万元，其中来自C2公司的投资收益为1200万元，按10%缴纳C2公司所在国预提所得税额为120万元（1200万*10%），符合条件的间接负担下层公司税额325万元；
B2公司适用税率为30%，假设其当年享受直接和间接抵免后实际缴纳所在国所得税额为1140万元；当年税前利润为5000万元，则其税后利润为3740万元（5000万-1140万-120万），且全部分配；
B2公司向A公司按其持股比例50%分配股息1870万元；
将上述数据代入《财政部 国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》第五条公式计算，A公司就从B2公司分得股息间接负担的可在我国应纳税额中抵免的税额为792.5万元：
（1140+120+325）*（1870÷3740）=792.5万元
（3）计算乙国B3及其下层各企业已纳税额中属于A公司可予抵免的间接负担税额：
①D公司税额的计算
D公司符合A公司的间接抵免持股条件。D公司应纳税所得总额为1250万元，适用税率为20%，无投资收益和缴纳预提所得税项目。当年D公司在所在国缴纳企业所得税为250万元；D公司将当年税后利润1000万元全部分配；
D公司向C3公司按其持股比例25%分配股息250万元；
将上述数据代入《财政部 国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》第五条公式计算，D公司已纳税额属于可由C3公司就分得股息间接负担的税额为62.5万元：
（250+0+0）*（250÷1000）=62.5万元
②C3公司税额的计算
C3公司符合A公司的间接抵免持股条件。C3公司应纳税所得总额为1000万元；其中从D公司分得股息250万元，按10%缴纳D公司所在国预提所得税额为25万元（250万*10%），符合条件的间接负担下层公司税额62.5万元；
C3公司适用税率为30%，假设其当年享受直接和间接抵免后实际缴纳所在国所得税额为245万元；当年税前利润为1000万元，则其税后利润为730万元（1000万-245万-25万），且全部分配；
C3公司向B3公司按其持股比例50%分配股息365万元；
将上述数据代入《财政部 国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》第五条公式计算，C3公司已纳税额属于可由B3公司就分得股息间接负担的税额为166.25万元：
（245+25+62.5）*（365÷730）=166.25万元
③B3公司税额的计算
B3公司符合A公司的间接抵免持股条件。B3公司应纳税所得总额为2000万元，其中来自C3公司的投资收益为365万元，按10%缴纳C3公司所在国预提所得税额为36.5万元（365万*10%），符合条件的间接负担下层公司税额166.25万元；
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